基于项目的减排量和基于总量控制的排放配额在性质上有本质的差异，同时又有千丝万缕的联系。
首先，交易商品不同。配额交易是基于总量控制交易机制，减排量交易则是基于项目的自愿减排机制，两者交易产品的区别如下：①配额排放量是绝对值，自愿减排量是相对值；②配额是事先创建的，开市之初就会发放给企业，减排量则是事后产生的， 当减排行为确实发生并被核证之后才会产生；③配额的数量是确定的，每一年的配额数量在开始交易之前便已确定，而减排量需经核证才能知道准确数量。
其次，交易范围不同。配额交易的范围一般仅限于当地的碳市场，例如欧盟的配额只能在欧盟交易；同样地，中国碳交易试点的配额只能在试点当地的企业间交易。与之形成对比的是，减排量交易则具有明显的跨地域性，最为典型的代表是CDM 项目， 其项目开发产生的核证减排量（CER）信用可以在全球大部分地区流通；另外一些自愿减排标准，例如核证减排标准（VCS）或黄金标准（GoldStandard），也可在全球开发项目，产生的减排量同样可以销往全球。类似地，中国核证自愿减排量（CCER） 信用也可以根据一定条件在各个碳交易试点之间流通。
第三，交易目的不同。配额交易的主要目的是企业履约，而减排量交易除了可以满足排放企业履约的需求外，还可以满足其它企业和个人的践行社会责任的需求。特别是VCS 和黄金标准这类的自愿减排标准，主要用途就是为了满足企业社会责任的市场需求。因此，配额交易的需求是完全来自于碳市场内生，而减排量交易的需求则不一定。
在强制减排市场中，减排量是配额的有效补充。因此，为了保障配额市场的需求，各碳市场通常会对减排量的使用数量进行限制，例如大部分中国碳交易试点对 CCER 的使用比例要求限制在 10% 以内。
