在煤炭清洁高效利用上，意见主要提出通过提高煤炭产品质量和利用标准，发展清洁高效燃煤发电，提高煤炭加工转化水平等途径实现。
意见明确，要提高煤炭产品质量和利用标准，大力发展煤炭洗选加工，所有大中型煤矿均应配套建设选煤厂或中心选煤厂，开展井下选煤厂建设和运营示范，提高原煤入选比重。到2020年，原煤入选率达到80%以上，实现应选尽选；重点建设环渤海、山东半岛、长三角、海西、珠三角、北部湾、中原、长株潭、泛武汉、环鄱阳湖、成渝等11个大型煤炭储配基地及一批物流园区。
煤炭利用发面，要逐步提高电煤在煤炭消费中的比重，大力发展清洁高效燃煤发电，推进煤电节能减排升级改造，提升煤电高效清洁利用水平，打造煤电产业升级版。根据水资源、环境容量和生态承载力，在新疆、内蒙古、陕西、山西、宁夏等煤炭资源富集地区，按照最先进的节能、节水、环保标准，科学推进鄂尔多斯、锡盟、晋北、晋中、晋东、陕北、宁东、哈密、准东等9个以电力外送为主的千万千瓦级清洁高效大型煤电基地建设。
要减少煤炭利用污染物排放，大力推广可资源化的烟气脱硫、脱氮技术，PM2.5、硫氧化物、氮氧化物、重金属等多种污染物协同控制技术研究及应用。严格执行排污许可制度，落实排放标准和总量控制要求，加强细颗粒物排放控制。研究煤炭深加工转化废弃物治理技术。目标是到2020年，燃煤固体废弃物实现资源化利用率超过75%。
针对燃煤工业炉窑技术水平低的问题，意见提出提高燃煤工业炉窑技术水平。实施炉窑改造工程，鼓励发展热电联供、集中供热等供热方式，以天然气、电力等清洁燃料和生物质能替代落后的分散中小燃煤锅炉。加快推广高效煤粉工业锅炉等高效节能环保锅炉，加快淘汰低效层燃炉等落后设备。推广先进适用的工业炉窑余热、余能回收利用技术，实现余热、余能高效回收及梯级利用。到2020年，现役低效、排放不达标炉窑基本淘汰或升级改造，先进高效锅炉达到50%以上。
在煤炭加工转化上，按照节水、环保、高效的原则，继续推进煤炭焦化、气化、煤炭液化（含煤油共炼）、煤制天然气、煤制烯烃等关键技术攻关和示范，提升煤炭综合利用效率，降低系统能耗、资源消耗和污染物排放，实现清洁生产。适度发展现代煤化工产业。在满足最严格的环保要求和保障水资源供应的前提下，统一规划，合理布局，统筹推进现代煤化工产业高标准、高水平发展。
在条件适合地区，积极推进煤炭分级分质利用，优化褐煤资源开发，鼓励低阶煤提质技术研发和示范，推广低阶煤产地分级提质，提高煤炭利用附加值。
目标是2020年，现代煤化工产业化示范取得阶段性成果，形成更加完整的自主技术和装备体系，具备开展更高水平示范的基础。低阶煤分级提质核心关键技术取得突破，实现百万吨级示范应用。
结合2014年国家能源局发布的 《关于规范煤制油、煤制天然气产业科学有序发展的通知》来看，煤制油、煤制天然气等煤化工产业仍将以示范为主。
