“绿色水电”认证标准
由瑞士联邦环境科学技术研究所(EAWAG)于2001年提出，该标准从水文特征、河流系统连通性、泥沙和地形、景观和栖息地、生物群落5个方面提出反映健康河流生态系统的特征，并通过5个方面的管理措施(包括最小流量、调峰、水库、泥沙、水电站建筑物设计)来实现，旨在鼓励水电站业主采取措施将电站设施对生态环境的不利影响降至最低程度。根据该认证体系的规定，通过“绿色水电”认证的水电站，可以将电价上浮一个固定的价格，如0.01瑞士法朗/KWh或0.006欧元/KWh作为“绿色电力”对外销售；每一年，这一额外收取的电费必须用于对河流生态环境的修复(称为“生态投资”)。自2000年以来，该标准已经被成功地应用于瑞士的50个水电工程，并且被欧洲绿色电力网确定为欧洲技术标准向欧盟其他国家推广。
“低影响水电”认证标准
由美国低影响水电研究所(LIHI)于1998年提出，该标准从河道水流、水质、鱼通和鱼类保护、流域保护、濒危物种保护、文化资源保护、公共娱乐、是否已被建议拆除8个方面提出了低影响水电所应满足的条件，旨在减少水力发电对环境的影响，并建立一套可信的、可接受的标准供消费者对水电开发进行评估。
截至2007年1月，LIHI已经采用这项标准对22个水电站(总装机容量为1524MW，包括46个水坝)进行了认证，并另有7个电站(总装机容量为409MW，包括9个水坝)正在申请中。
水电站营运许可证换发制度
在一些国家，如美国、非联邦水电站的运行许可证有效期为30年~50年。在许可证到期的5年前，持证人必须向FERC(联邦能源监管委员会)提交换证意见书，说明是否有换取新证的意向。若有换证意向，持证人必须在许可证到期的两年前提交换证申请。持证人经与广泛的利益相关者进行深入协商并提交初步申请供各方审查后，再提交最终申请材料。FERC负责准备项目的环境评价和颁发许可证(附带需要采取的相关保护、减缓和加强措施)。若水电站未能满足有关规定，则新的运行许可证将不再颁发给该持证人。此时FERC将把该水电站公开让其他单位收购；联邦政府也可以接管该电站；在理论上FERC可以下令让该水电站退役或者拆除(非自愿性质的放弃或者退役事实上尚未发生过，已发生的放弃和退役都是自愿的，通常是由于工程经济上的原因)。
