2008年10月16日在北京，中国科学院与中国三峡总公司签订全面战略合作协议。全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥院士出席签字仪式并发表重要讲话。
中国科学院与中国三峡总公司的合作，以科学发展观为指导，以“平等互利、优势互补、相互协作、共同发展”为原则，以促进我国水电产业和其他清洁能源产业又好又快、可持续发展为目标，不断增加合作层次，拓宽合作领域，创新合作模式，探索建立企业需求牵引、充分发挥中科院科技和人才优势以及中国三峡总公司资源和管理优势、院企共同发展的科技创新体系。
协议指出，双方将在大型水电工程建设和运行的重大科学技术问题、新能源开发重大技术、清洁煤化工关键技术、水电及其他清洁能源工程的生态与环境保护技术、大型水电工程建设区域的经济发展以及移民安置等领域开展广泛深入合作。双方将联合申请和开展科研项目，共建合作平台，建立人员交流、互派机制，发挥中国科学院院士科技咨询作用，共同推进科研成果转化应用。此次双方在签订战略合作协议的同时，还签订了5个具体合作项目协议。
