《方案》明确了属地政府的主体责任与各相关部门的工作职责，要求各地2020年底前全面完成清理整改工作任务，切实有效保护和修复河流生态系统，促进全省小水电协调、规范、有序、绿色发展。
《方案》提出，全省小水电清理整改工作分四个阶段进行。一是综合评估阶段。由县级人民政府牵头，以县市区为单元，对本行政区域内小水电开展综合评估，提出综合评估意见。二是制定方案阶段。各地按照综合评估意见，对列入退出类和整改类的小水电项目，按照“一站一策”原则，逐站制定整改方案。三是推进整改阶段。各地根据经批准的单站整改方案，统筹兼顾生态环境保护、经济社会发展和社会稳定之间的关系，分步有序稳妥推进清理整改工作。四是验收销号阶段。对于列入退出类和整改类的小水电，严格按照程序进行验收销号。
《方案》要求，要将小水电清理整改工作纳入全省河长制湖长制工作内容和考核体系，以此次清理整改为契机，理顺小水电管理体制，积极开展绿色小水电创建，搭建生态流量在线监管系统，出台生态电价政策，建立小水电绿色发展长效机制。
