1、建设中存在的不足
一是工程老化失修，缺少配套设施。小型农田水利工程通常由于得不到重视，造成其缺少应有配套设施的建设。部分工程是在边规划边设计中建成的，还有的是施工人员依据以往的施工经验而建成的，没有经过科学系统的设计。工程建成后也是不合格的，此种工程通常老化的较快，直接影响了工程的正常使用。
二是工程技术性和水能利用效率低。部分工程在施工中受到传统引水灌溉设计理念的影响，导致建成的工程普遍存在技术性较低的问题，加之农业发展相对缓慢，导致小型农田水利工程出现了无法满足供水的情况，再加上地质条件和气候条件的影响，工程不断出现漏水或渗水的问题。
2、营运管理存在不足
一是管护责任意识缺乏。管护责任意识缺乏是小型农田水利工程当中的主要问题。此种问题的出现主要是由于施工单位工作人员对管护工作的重视程度不够，缺乏对水利工程的管护责任意识，存在一种管建不管修的错误思想，造成了水利工程建设、管理、用户之间严重脱节的情况，以至于部分小型农田水利工程因管理不善出现站房损毁。电机、电线被盗等情况。
二是管护技术水平偏低。管护技术水平偏低也是导致小型农田水利工程出现问题的重要原因。农村的水管站与水利站是为小型农田水利工程服务的。但由于水管站与水利站当中的绝大部分工作人员都是由村内居民担任，而他们根本不具备对小型农田水利工程进行维护的水平，甚至连基本工作原理都不了解，这使得农村水管站与水利站形同虚设。
