1、建立生态环境影响评价体系
水利工程建设项目是一个相对浩大的建设工程，其建设必定会对生态环境可持续发展带来一定的负面影响，因此就要求我们必须建立生态环境影响评价体系，使我们能够充分发挥水利工程给生态环境可持续发展带来的积极效益。
2、建立并完善生态环境可持续发展的相关制度
根据人们对生态环境可持续发展的认识水平，建立科学全面的评价机制，制定相关的评价方法和利用保证生态平衡的有效政策，从而形成评价标准来适当和科学合理地评价水利工程建设对生态环境产生的影响。在水利工程建设过程中，要先考虑其施工过程中对生态环境的影响，再做出合理的判断，水利工程建设的各个环节都要以保护生态环境可持续发展为要求和标准，使其建设对生态环境的负面影响减到最小。
3、做好规划选址及检测工作
水利工程前期最重要的工作是选址尽量选择对周边环境影响较小的地方，尽量减少移民率。虽然一个大型的工程建设很难避免对周边的生态环境和人们的生活产生一定的影响，但是，建设初期我们应尽量将这种影响降到最小。一旦选址不能满足设想的目标，我们就要尽可能对造成的影响做出合理的评估和估计，以此确保水利工程的建设能够有积极作用。除此之外，后期的监督检测工作也非常重要。对已建成的水利工程做好后期的追查和评估。在经过很长时间后，很多水利工程会出现问题，这就要求水利工程建设人员要长时间地进行观察、检测和研究，从而得到对环境更好的评价。只有这样才能在第一时间发现问题，采取相应的解决措施，不会使水利工程建设对生态环境的危害很大。
4、水土保持是水利工程建设中值得重视的问题
随着经济建设的发展，中国的环境保护问题也越来越严重，而水土流失就是中国最为重要的环境保护问题。因此，水利工程的建设也要考虑到水土保持，特别是在生态问题严重的地区，更应该注重水土资源的合理利用，发挥土地资源的优越性，实现水土资源的有效利用。同时，人们要有节水的意识，不断改善水土的质量。一方面政府要进行宏观调控，发挥主导作用，在资金和政策等方面加以支持，切实有效地促进水利工程建设，另一方面要发挥水资源配置在市场中的引导作用，从而提高全社会人民的节水意识。
5、保证水资源的统一管理与中国社会主义市场经济协调发展
用科学化和规范化的管理原则来实现水资源的统一管理。在此基础上，要有行之有效的管理方法来促进水利事业的发展。灵活运用各种强而有力的手段，实现中国水资源的统一管理。因此，在水利事业发展的过程中，我们要有保护自然环境的意识，全面地考虑到生态环境的可持续发展，加强水利工程的科学化管理。
