针对小水电开发中，不少地区出现的规划和管理滞后、滥占资源、抢夺项目、无序开发、破坏生态等问题，国家环保总局于６月１８日下发通知，要求加强小水电资源的合理开发利用和保护，防止不合理开发活动造成生态破坏，切实保护和改善生态环境。
环保总局在这份《关于有序开发小水电，切实保护生态环境的通知》（环发〔２００６〕９３号，以下简称《通知》）中，特别强调了“依法进行环境影响评价”的重要性。《通知》明确要求，各地编制或修改小水电资源开发利用规划，必须依法进行环境影响评价，对规划实施后可能造成的环境影响进行分析、预测和评估，提出预防或减缓不良环境影响的对策和措施。未进行环境影响评价的开发规划，规划审批机关不予审批。未列入规划的小水电建设项目，以及未开展环境影响评价的规划中的小水电建设项目，环保部门不予审批，规划审批部门不予审批或核准。
《通知》要求，小水电开发建设项目必须严格按照建设程序报批、核准，规范各项前期工作和审查审批程序。要按照《环境影响评价法》和《建设项目环境保护管理条例》的有关规定，进行环境影响评价。处于环境敏感区和单机装机容量在５万千瓦以下、１０００千瓦以上的小水电项目，应当编制环境影响报告书；处于非环境敏感区和单机装机容量小于１０００千瓦的小水电项目，可以编制环境影响报告表。建设单位在报送可行性研究报告或项目申请报告前，应当完成项目环境影响评价文件报批手续。未取得省级环保部门环境影响评价审批文件的项目，规划审批部门不予核准或审批，建设单位不得开工建设。
《通知》要求，小水电建设要全面推行建设项目法人责任制、招标承包制、建设监理制和竣工验收制。
《通知》指出，要扩大公众参与程度，强化社会监督。对涉及公众环境权益的小水电开发规划和建设项目，规划编制机构和建设单位应当在报批开发规划和建设项目环境影响报告书前，采取便于公众知悉的方式，公开有关开发规划和建设项目环境影响评价的信息，收集公众反馈意见，并对意见采纳情况进行说明。环保部门受理环境影响报告书后，应当向社会公告受理的有关信息，必要时可以通过听证会、论证会、座谈会等形式听取公众意见。
环保总局要求各地强化对小水电资源的管理，尽快完善小水电资源开发管理的相关法规，实行小水电资源开发权的有序、有偿使用和市场化，建立公平高效的小水电资源市场开发机制。按照“谁开发谁保护，谁破坏谁恢复，谁受益谁补偿”的原则，探索建立生态补偿机制，积极开展试点。各地要加强对在建和拟建小水电项目的监督管理，对违规项目应严肃查处，杜绝无序开发、浪费资源和破坏生态的现象，引导小水电健康发展。
