国家水能风能研究中心依托水电顾问集团现有专业力量组建，将充分发挥有关单位和机构的优势，广泛听取各方意见，把水能风能研究中心办成一个开放的研究平台，业务范围涵盖水电风电发展战略、政策研究和技术研发等。目前，该研究中心直属组织机构共包括5个研究所和7个分中心，分别是战略政策研究所、工程技术研究所、水库经济研究所、环境保护研究所、信息技术与管理所，西北分中心、中南分中心、华东分中心、成都分中心、贵阳分中心和昆明分中心。
该中心实行主任负责制，设主任1名，副主任若干名。主任由水电顾问集团主要领导担任，负责研究中心的全面工作。同时，该中心工作接受国家能源主管部门的指导，受政府或企业委托，承担相应的研究任务，为国家有关部门、相关企业的水能、风能、潮汐能开发和水电风电持续健康发展提供政策咨询和技术支持服务。
目前，该中心制定了2012年至2015年三年工作计划和2012年工作重点，重大课题涵盖水电风电有序开发研究、水电开发促进地方经济社会发展研究，水电建设管理体制机制研究、农村移民安置方式研究、水电开发与生态环境保护关系研究、电力市场及电价形成机制研究等。
国家能源水电工程技术研发中心是经水电顾问集团申请，国家能源局于2011年9月批准成立的。水电顾问集团负责人介绍，该中心的定位是创建一流的水电工程技术创新平台，增强行业自主创新能力；通过工程关键共性技术研究，促进产业升级和提高核心竞争力；搭建产业和科研之间的桥梁，推广应用先进技术；加强对外技术交流与合作，打造具有国际影响力的对外窗口，创立中国水电技术品牌。
为此，该中心将参与制定水电科技发展战略与规划，承担国家和行业水电工程重点科研任务和重大课题研究，组织开展新材料新技术的开发研制、检验检测和推广应用，提供水电重大工程技术、标准的评价与咨询服务，开展国际水电开发技术交流与合作等。
“两个中心业务既相互独立又有机联系，涵盖了行业发展战略、政策法规、体制机制、工程技术等方面，形成了水能风能完整的研发体系”。水电顾问集团总经理王斌介绍，两中心在水电顾问集团的成功组建，将使该集团能够将原有相对分散的人才、技术和信息优势进行整合，通过创新内部体制机制，进一步为政府、企业、社会提供优质服务，促进我国水电风电及其他清洁可再生能源的健康发展。
王斌还表示，从今年起到“十二五”末，水电顾问集团将每年为两中心建设提供1亿元建设经费。
