国家对水电的开发已经加入了环保的重要内容，但是要解决开发和环保的矛盾，却并不容易
位居世界首位，可开发量3.78亿千瓦，占全世界可开发水能资源总量的16.7%。”
这是几个开发水能的支持者经常用到的数据，由于天然的三级阶梯状地势，中国在水能方面的巨大潜力，几乎无人可及。
但与此同时，令人尴尬的是，在国家不断上马新的水电项目的同时，对水电的质疑声此起彼伏，水能，几乎成为中国最受质疑的能源项目，水能在一个典型的环保主义者心目中，其破坏力甚至会超过公认污染环境的火力发电。
这些质疑声让中国的水能发展，受到了超乎寻常的阻力。
生态和能源之争
在上个世纪，对于水电的反感，主要还是因为其投资大、周期长、移民安置不易。
而2003年以后，国家环保机构的强势介入，则显示了另外一种趋势。其中都江堰建坝纷争和怒江开发问题最为引人注目，水电和环境的天然冲突，超过了以往人们关注的水电的经济性。
以怒江为例，2003年8月14日，由云南省怒江州完成的《怒江中下游流域水电规划报告》才出，就引来了一片反对声。同年9月3日、10月20～21日，国家环保总局分别在北京和昆明就怒江水电开发问题召开了两次“专家座谈会”。期间的9月29日、10月10日，云南省环保局也相应召开了两次专家座谈会。2004年1月8日至9日，中国社会科学院环境与发展中心等五个研究组织共同召开了“水电工程的经济，社会和生态环境影响”研讨会。
水电必需建大坝，而大坝和环境的矛盾，从来没有表现得这么极端过。
“对于西部来说，水能并不是‘清洁能源’。”一位老水利工作者承认。“西部地区有很多人文自然景观，都是无法复制的，比如三峡，比如都江堰；另一方面，西部地质条件复杂，如果建大坝时考虑不周，会造成隐患，甚至可能引起地震，地质上的困难也是当初三峡大坝经过再三论证的原因之一；而第三，西部现在还保存着大量原生的自然动植物资源，环境的突然改变会对他们造成毁灭性的打击。”
目前看来，环保总局仍然没有停止对于水电的关注。在2005年1月“环保风暴”掀起之初，环保总局的头三板斧都砍向了三峡总公司，金沙江溪洛渡水电站名列榜首，排在第二、第三位的，分别为三峡地下电站和三峡工程电源电站。
国家发改委副主任张国宝曾经引用中国水利水电专家潘家铮院士“谁对三峡贡献最大”时的回答，“那些对三峡工程建设提出种种意见的人贡献最大，正是因为他们提出了各种问题，才使设计者不断想办法来解决这些问题，使设计趋于完善”。
他认为，在开发中更加注重环境保护才是可取之道。“但是我们也注意到当前也出现了一种倾向，反对一切形式的水电开发。只强调保护，不考虑开发，这也不符合人类的根本利益。”
自然与科学对峙
也许当初不少热切为制止怒江建坝而奔走的人士不会想到，他们的努力，在一年后演变为一场“人类是否应该敬畏自然”的大讨论。
挑起讨论的反方，是中国科学院院士何祚庥和著名批评家方舟子，而正方除了几位学者，并没有一直默默工作的中国民间环保团体，梁从诫等几个著名的团体代表，并没有组织过成规模的反击。
方舟子的意见是，环保人士故意夸大了怒江修建电站对于环境可能造成的破坏，因此都是“伪环保”“伪科学”。他挑起的这一场争论，令公众陷入了迷茫。
“我不敢说我们的研究报告就百分之百的正确，但是环境这个东西是不能拿来做实验的。”一位环境学家几个月后提到此事仍然气愤不已，“怒江一旦建坝，对环境的影响就是不可逆的。何况现在我国水电建设中，地方政府和水电部门才是强势部门，如果没有环保部门大力参与，他们根本就不会认识到这一问题，即使认识到了，他们也不会做什么，因为为环境问题买单的不是他们，而是当地老百姓和国家。”
无论这场争论最终有无答案，国家对这一问题的重视则态度鲜明，在出台不久的“十一五”规划建议中，对水电开发的表述是“在保护生态基础上有序开发水电”。
而上一个五年计划的表述是“积极发展水电”。
