暴雨如期而来，逐步升级为红色预警。6月24日08时：00-25日08：00，电站所处宁强县局地最大降雨量237mm，坝址区降雨量93mm，预报嘉陵江略阳段洪峰达800-1500m?/s，26日16：00，嘉陵江912m?/s洪峰顺利通过电站。泄洪过程中，电站按照宁强县防汛抗旱指挥部要求，在保证水库安全的前提下，利用所腾库容调峰错峰，有效缓解了下游压力。此次强降雨虽未对电站及上游造成灾害，但对距离电站下游30公里处的燕子砭镇安居工程防护大堤围堰造成险情。6月27日降雨停止。
6月29日14：00，陕西省防汛抗旱指挥部发布防汛预警信息，7月2日至3日，陕西境内嘉陵江流域将出现入汛以来最强暴雨天气。陕西能源公司高度重视此次强降雨过程，各部门相关人员、电站全体人员到岗，电站组织采购了充足的应急食品与物资；将各项防汛物资前移至厂房；对交通车辆、通讯设备进行检查保养；对柴油发电机、全厂排水沟、防洪门密封、挡排水设施、排水系统进行全面检查；对重点部位防汛责任人再次明确，确保排水通畅，万无一失。同时为确保下游燕子砭围堰安全，电站不惜放弃发电利益，再次将库水位降至594.5m，腾出库容1110万立方米，用于调峰错峰。
7月2日凌晨大暴雨再次袭来，嘉陵江上游宁强、略阳、凤县、徽县、成县等县均发布暴雨红色预警。电站坝址区01:00-08：00期间降雨量达到67mm，上午8：00略阳流量109m?/s，电站实测入库流量623m?/s，略阳至坝址区间强降雨。连续降雨使土壤饱和并引发地质灾害，电站附近山体发生多处边坡塌滑、道路坍塌，厂房左岸道路及进厂防洪门处山洪涌来，进厂防洪门前第二道截水沟被落石堵塞，山洪夹杂着石块与泥草涌向进厂防洪门，防汛值班人员进行专人瞭望，部分人员进行快速疏通。上午07：26电站2号闸门开度1.6m、4号闸门开度1.9m，保持出入库平衡；07:30电站1号机组因水头低振动值超标停机备用，电站内各部正常。
上午08:00，电站将上述情况汇报黄河公司防汛办和调控中心，黄河公司防汛办要求电站立即将人员撤离至厂房，做好防汛抢险准备。
强降雨持续，险情就是命令,上午08:30，电站全体人员撤离至电站进行避险，以防综合楼后边坡发生滑坡。上午09：00，陕西能源公司启动防气象灾害专项应急预案进行紧急应对处置。09：30，陕西省水文水资源勘测局发布洪水蓝色预警信号。黄河公司总经理魏显贵、副总经理王兴玉了解汛期后，先后向陕西能源公司巨亭水电站现场负责人作出指示：一是加强防范绝对确保人员安全，二是严格按照属地防汛办的调令泄洪，确保大坝和下游安全，三是安排好后勤保障，确保员工生活正常。
上午10：20，强降雨导致移动通讯中断，电站通过海事卫星电话对外联系。
上午10:40分；电站防汛抢险现场指挥部组织召开全员会议，电站26名工作人员全体参加会议。会上强调，公司已启动防气象灾害专项应急预案，重点要求各部门高度重视此次防汛工作，要绝对确保抗洪期间人身和交通安全，严密防范地质灾害伤害事件；由于燕子砭河堤防护，在确保电站100％安全前提下，予以全力配合；加强运行监控，设备巡视工作，确保厂内厂区排水系统正常，杜绝水淹厂房；及时咨询上下游水情、汛情，做好水情预报、汇报工作；克服困难，做好防汛值班、轮班工作和后勤物资、生活保障；抗洪期间各部人员，避免单独行动，发现险情，及时汇报，第一时间进行判断处理。
16:00分陕西省防汛抗旱总指挥部启动汉江嘉陵江流域IV级防汛应急响应，19:18分电站移动通讯网络恢复正常，21:00分嘉陵江略阳水文站洪水预警预报7月3日03:00分洪峰流量为1200m?/s。7月3日04：30分略阳水文站达到洪峰峰顶流量1440m?/s，07:00分洪峰流量1870m?/s到达电站。
7月1日-2日，宁强县局地24小时最大降雨量239mm，距离电站下游30公里处的燕子砭嘉陵江干流段由流溪沟、黑水河、三道河、清河、燕子河等支流汇入，连续降雨，土壤饱和，支流流量均暴涨达警戒水位。正在施工的燕子砭镇安居工程防护大堤围堰受到洪水严重威胁，电站为确保围堰安全，防汛值班人员每20分钟询问一次略阳水文站流量，密切与宁强县防汛抗旱指挥部联系，科学调度，在围堰加固过程中，下游支流流量暴涨、电站入库800-1600m?/s流量时，利用腾出的库容，调整下泄流量，出库流量在600-1200m?/s之间多次调整，确保与下游洪峰不重叠，保证围堰加固安全施工。在1870m?/s洪峰流量到达电站时，出库流量始终未大于1600m?/s，确保了下游围堰安全。此轮强降雨期间，电站经过长达8天调整，泄水闸门操作次数达119次，全力调峰错峰，为围堰的加高加固赢得了宝贵的时间，同时确保了围堰安全，得到了宁强县防汛抗旱指挥部的高度赞扬。
7月4日09:30分黄河公司防汛办一行三人克服沿途道路塌方、落石等风险，冒雨到达现场，检查指导电站防汛工作，带来了黄河公司领导对巨亭水电站一线员工的关怀和慰问。看到电站员工连续48小时吃住工作在厂房，生产、度汛现场井然有序，对电站本次防汛和汛前检查整改完成情况给予了肯定，对下一步防汛工作提出要求，一是要高度重视并确保人员和交通安全，把人身安全放在首要位置，重点防范地质灾害风险；二是要克服困难，及时补充好生活物资，以防交通中断；三是继续与地方政府、二郎坝水电公司做好联动互助工作；四是汛后及时做好此次抗洪抢险工作经验总结。
本次强降雨期间进厂道路多处发生塌落，阻断交通，电站积极联系巨亭镇防汛办，共同对道路进行疏通，确保电站抗洪期间交通顺畅。7月4日08:00分库区发现从上游漂落的铁船，值班人员立即向县防汛办汇报并通知巨亭镇防汛办联系船主，待泄洪结束进行打捞。
电站全体人员于7月2日起24小时撤离至电站内部避险、抢险，至7月4日18:30分检查综合楼后边坡稳定，关闭防气象灾害专项应急预案，生活作息恢复正常。7月4日14:30分水头恢复后1号机组并网运行。7月5日11:00汉江嘉陵江流域IV级防汛应急响应解除。
截止7月4日20时，电站洪水已消退至885m?/s，降雨量从6月25日08时-7月4日08时降雨量280mm，入库水量4.8795亿m?，发电用水量1.5315亿m?，泄洪水量3.3905亿m?，最大洪峰流量1870m?/s，累计抢发电量654.06万千瓦时，泄洪闸门操作次数119次。
本次抗洪抢险在黄河公司、宁强县防汛指挥部的正确指挥下，陕西能源公司发扬2017年"8.8"抗震抗汛精神，准备充分，公司负责人24小时现场一线指挥，各级人员严守防汛岗位、严肃防汛纪律，加强与各有关部门的联系沟通，及时观测分析雨水情，及时预报预警，及时启动应急预案，果断撤离，连续作战，妥善处置，应对得当，确保了电站及下游燕子砭安居防护工程大堤围堰安全、度汛安全，无人员伤亡和设备财产损失，为下一步防大汛抗大灾积累了宝贵经验。
